Luego de no concretar un buen arranque, Estudiantes finalizó la primera rueda ubicado en la tercera posición del torneo, peleando los primeros puestos. En la temporada 2004/05 Estudiantes quedó en la decimocuarta posición en el Apertura, repitiendo el mismo puesto en el Clausura. Algunos puristas consideran que es un duelo de más de 100 años de historia, puesto que antes de la fundación oficial de ambos clubes, el 1 de noviembre de 1909 se disputó el primer clásico a nivel universitario entre las selecciones estudiantiles de la Universidad de Chile y de la Universidad Católica. Está presente en todos los niveles educativos con un instituto, un terciario y una universidad. El vuelo salió con una hora de retraso aunque nunca se explicaron las causas. Las presencias de Ezequiel Lavezzi, Daniel Vega y Pablo Mouche en la delantera llevaron al pincha a pelear el Clausura con Tristán Suárez y Sarmiento de Junín que sería finalmente el campeón. En aquel grupo había nada menos que 6 títulos de campeón mundial.
A partir de este momento llegaría el mejor momento del conjunto de Villarreal, logrando cinco victorias consecutivas en liga, una de ellas en el Estadio Vicente Calderón frente al Atlético de Madrid con un gol de Luciano Vietto, además en este mes de diciembre cerraría su participación en la Europa League con una victoria por (0-2) ante el Apollon Limassol, pasando a los dieciseisavos de final como segundo de grupo por detrás del Borussia Mönchengladbach, lars7 enfrentándose en dicha ronda contra el Salzburgo. Venció a Temperley de visitante con una recordada definición por penales en la cual Estudiantes salió victorioso con un 5 a 4 pero en la ronda siguiente perdió otra vez con Central Córdoba de Rosario. A partir de mediados del año 2009 el estadio cuenta con un museo de categoría mundial, camisetas de futbol 2022 este se encuentra ubicado en el sector Océano del Estadio Monumental y cuenta con una superficie de 250 m² y con una capacidad para 50 personas. A mitad del año 2010 Estudiantes se convirtió en miembro de una Red de Clubes impulsada por el club chileno Audax Italiano. Las tarjetas son una forma de hacer cumplir las reglas del juego por parte de los jugadores. El debut en liga se dio el día 21 de octubre de 1943, el juego fue contra Atlante y el Guadalajara ganó por 4 goles a 1, Pablo González fue el autor del primer gol rojiblanco.
El juego denominado bossaball combina aspectos del fútbol tradicional y del voleibol. Su inclusión en dicha lista desencadenó una crisis económica que se agudizó a mediados de la primera década del siglo XXI y que amenazó con la desaparición del equipo en los años posteriores. Para 2001 se incorporó al equipo el mediocampista Arturo Sanhueza y el delantero uruguayo Silvio Fernández. Para la temporada 2011/2012 se mantuvo la base del equipo que logró el subcampeonato en la anterior temporada. Además, nuevamente fue el equipo más goleador del tramo, convirtiendo 56 goles. Luis Martínez Ortíz jugó 111 partidos y anotó 69 goles con la camiseta albirroja, convirtiéndose en el goleador histórico del club en el fútbol profesional hasta hoy en día y uno de los mayores ídolos de la institución. Durante el profesionalismo, han disputado 85 encuentros, Estudiantes ganó 28 con 122 goles a favor, mientras que el Tricolor ganó 25 con 121 goles a favor, empatando en 32 ocasiones. Estudiantes clasificó cómodamente al reducido pero de nuevo quedó eliminado en primera ronda, esta vez a manos de Villa San Carlos.
Esta fue una de las peores campañas desde su retorno a la Primera B Metropolitana. En la vuelta se produjeron una serie de incidentes con la parcialidad de la fragata y tras 25 días se realizó una final en el Estadio Eva Perón, perteneciente a Sarmiento de Junín, con los 35 minutos que restaban. El 11 de noviembre de 2014, el Estadio Monumental David Arellano fue confirmado como recinto oficial, para la Copa América 2015 a jugarse precisamente en Chile. Tras alcanzar los cuartos de final de la Copa Argentina, dicha competición se reanudó en la temporada siguiente. En la final Inglaterra jugó de local en el Estadio de Wembley, y además comenzó ganando a los 2 minutos con gol de Luke Shaw, sin embargo, en el segundo tiempo Leonardo Bonucci empató para Italia en el minuto 67′. Se llegó a una nueva prórroga pero no se movió el marcador, llevando la final a una nueva tanda de penales.