En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense. Benítez a modo de broma dijo que el equipo debía llamarse Magallanes, no por el navegante portugués Fernando de Magallanes, sino por el Estrecho de Magallanes en Chile, porque «allí se iban a estrellar todos los clubes».
